Destylarnia Caperdonich została założona w 1897 roku przez Jamesa Granta jako Glen Grant No. 2 z siedzibą naprzeciwko oryginalnej gorzelni Glen Grant. Dwie destylarnie były aż do pierwszego zamknięcia Glen Grant No. 2 w 1902 roku połączone rurociągiem. W międzyczasie William Grant & Sons połączył się z Glenlivet i kilkoma innymi firmami, tworząc w 1972 Glenlivet Distillers Ltd. Dopiero w 1965 roku destylarnia została odnowiona przez Glenlivet i ponownie otwarta pod nazwą Caperdonich – świeżo wprowadzone prawo zabraniało istnienia dwóch gorzelni takiej samej nazwie.
W 1967 zakład rozbudowano go o dwa kolejne alembiki i od tego czasu destylarnia pracowała na czterech destylatorach. Destylarnia w 1977 roku trafiła w ręce firmy Seagrams, który używał whisky w swoich mieszankach Chivas Regal, a w 2001 roku do Pernod Ricard. Ostatni właściciele zdecydowani się na zamknięcie gorzelni w 2002 roku i sprzedanie części sprzętu. W końcu, w 2010 roku, budynki destylarni zostały zburzone. The Owl Distillery z Belgii w międzyczasie pozyskała z gorzelni myjkę i destylator spirytusowy. Inne sprzętu trafiły w ręce destylarni Falkirk, a trzy fermentory trafiły do Wolfburn w Thurso. Na szczęście zachowało się parę beczek z whisky Caperdonich, które stały się częścią wyjątkowej serii Secret Speyside Collection. Również niezależnie rozlewnie wciąż od czasu do czasu wypuszczają beczki ze swoich magazynów. W serii Gordon & MacPhail's Connoisseurs Choice znajdują się między innymi B. a Caperdonich 1999/2013, któremu pozwolono dojrzewać w beczkach po sherry. Kolejną niedawno wydaną butelką jest Caperdonich 17 Year Old 1995/2012 firmy Signatory Vintage. Ta butelka należy do serii Un-Chillfiltered i jest ograniczona do 731 butelek.
Można by spodziewać się, że styl whisky Glen Grant zostanie skopiowany przez siostrzaną destylarnię z drugiej strony ulicy – nic jednak bardziej mylnego! Caperdonich jest zdecydowanie bardziej owocowy, lekki i pełen orzechów niż dramy z gorzelni Glen Grant. Caperdonich używał jednak tego samego źródła wody, którym była pobliska studnia, a także używał tego samego złocistego jęczmienia. Ponieważ Glen Grant No. 2 nie była uważana przez urząd skarbowy za oddzielną destylarnię, ale za przedłużenie rzeczywistej destylarni Glen Grant, beczki musiały być tam również napełnione. Do transportu single malta z destylarni Caperdonich do Glen Grant użyto przenośnika taśmowego. Miało to się jednak zmienić, gdy produkcja została wznowiona w 1965 roku, po ponad 60 latach ustanowiono nowe przepisy i od teraz gorzelnię trzeba było traktować oddzielnie.
Woda jest obok ziarna najważniejszym surowcem do produkcji whisky. Produkcja nie może odbywać się bez wody. Dlatego wszystkie gorzelnie przywiązują dużą wagę do zaopatrzenia w wodę i są budowane w pobliżu rzek i źródeł. Oczywiście zwraca się również uwagę na jakość tego surowca. Woda musi być czysta i wolna od wszystkiego, co mogłoby wpłynąć na whisky. Sama woda nadaje whisky prawie żadnego smaku. Jednak skład minerałów rozpuszczonych w wodzie wpływa na proces produkcji. Jest to szczególnie ważne, gdy drożdże zamieniają cukier w alkohol. Szczególnie twarda woda utrudnia pracę drożdży podczas procesu fermentacji. W Szkocji, a także w Irlandii, Japonii i USA źródła wody są bardzo różne. Wynika to z różnych skał, przez które przepływa woda w drodze do gorzelni. Niektóre whisky są produkowane z twardą wodą i dużą ilością minerałów, a niektóre z miękkiej wody. Gorzelnie przystosowały się do własnego rodzaju wody i wiedzą, jak radzić sobie z jej właściwościami. W Szkocji wykorzystywane są na przykład takie szczepy drożdży, które najlepiej współpracują z wodą o niskim natężeniu wapnia. Nazwa Caperdonich to nazwa źródła wody, z którego korzysta szkocka gorzelnia. Jest to jest angielska wymowa gaelickiego słowa „Tobar Domhnaich”, które oznacza „tajemnicę”.
Speyside jest jednym z wiodących regionów do produkcji szkockiej whisky single malt. Jest to obszar w szkockich Highlands wokół rzeki Spey w Moray w północno-wschodniej Szkocji i produkuje jedne z najlepszych whisky single malt w Szkocji. Ze względu na dużą koncentrację destylarni w regionie uważa się go za własny region produkcji whisky, chociaż niektóre whisky z tego regionu whisky single malt są sprzedawane jako Highland. Istnieją jednak pewne podobieństwa między słodami Speyside i Highland. W okolicy znajduje się około 60 destylarni i stąd pochodzą dwie najsłynniejsze whisky single malt - Glenfiddich i Glenlivet. Pierwsza legalna licencja na destylację whisky w Szkocji została przyznana właśnie destylarni Glenlivet, mocno związanej z historią Caperdonich, w 1824 roku. Większość whisky destylowanych w Speyside wykorzystuje złocisty jęczmień, a do smaku czasem dodaje odrobinę dymu. Ogólnie rzecz biorąc, whisky Speyside można podzielić na dwa style: jeden jest lekki, trawiasty, a drugi to bogate, słodkie whisky przypominające sherry.
Destylarnia Caperdonich wraz z trzema innymi, mało znanymi szkockimi destylarniami whisky słodowej, wzięła udział w wyjątkowym projekcie, mającym na celu zaprezentować perełki z regionu Speyside. W ramach tej wyjątkowej kolekcji gorzelnia Caperdonich wypuściła sześć wyjątkowych single maltów, z których trzy prezentują torfowy, a trzy nietorfowy charakter whisky słodowej. Dramy w wieku od 18 do 30 lat dojrzewały w dębowych beczkach lub beczkach typu hogheads, a następnie zostały zabutelkowane ze stałą mocą 48% alkoholu.